Aeterna Latinitas. Mică enciclopedie a gîndirii europene în expresie latină, Polirom Press, 1997 .
Carmina Burana. Ediție bilingvă comentată, Polirom Press, Iași, 1998 .
Thomas de Aquino, De ente et essentia / Despre fiind și esență. Ediție bilingvă, traducere, introducere, note și comentarii, Polirom, 1998.
Jean Jacques Rousseau, Eseu despre originea limbajului. Traducere, introducere, note și comentarii, Polirom, 1999.
Emanuel Swedenborg, Despre înțelepciunea iubirii conjugale. Versiune românească și postfață, Polirom, 1999.
Sfîntul Augustin, Confessiones / Confesiuni. Ediție bilingvă, traducere din limba latină, introducere și note, Nemira, 2003.
Jacob Grimm / Ernest Renan, Două tratate despre originea limbajului. Versiuni în limba română, cuvânt înainte, introduceri și bibliografie, Iași University Press, 2001.
Rivarol, Discurs despre universalitatea limbii franceze, urmat de Maxime, reflecții, anecdote, cuvinte de duh. Antologie, traducere, introducere și bibliografie, Institutul European, 2003.
Leviticul. Traducere din limba greacă, introducere, note și comentarii de Eugen Munteanu, in Cristian Bădilițăet alii, Septuaginta I,, Colegiul Noua Europă / Polirom, 2004.
Introducere în lingvistică, Polirom, 2005.
Odele. Traducere din limba greacă, introducere, note și comentarii, in Cristian Bădiliță et alii, Septuaginta IV/I, Polirom, 2006.
Cartea înțelepciunii lui Iisus Sirah. Traducere din limba greacă, introducere, note și comentarii, in Cristian Bădiliță et alii, Septuaginta, IV/II, Polirom, 2007.
Wilhelm von Humboldt, Diversitatea structurală a limbilor și influența ei asupra umanității. Versiune românească, introducere, notă asupra traducerii, tabel cronologic, bibliografie și indice, Humanitas, 2008.
Lexicologie biblică românească, Humanitas, 2008.
Eugeniu Coșeriu, Istoria filosofiei limbajului. De la începuturi până la Rousseau. Ediție nouă, augmentată de Jörn Albrecht, cu o remarcă preliminară de Jürgen Trabant, versiune românească și indice de Eugen Munteanu și Mădălina Ungureanu, cu o prefață la ediția românească de Eugen Munteanu, Humanitas, 2011.
Eugeniu Coșeriu, Lingvistica textului. O introducere în hermeneutica textului. Versiune românească şi indici de Eugen Munteanu şi Ana Maria Prisacaru, cu o postfaţă de Eugen Munteanu, Editura Universității Alexandru Ioan Cuza, Iași, 2013, 264 p,.
Eugen Munteanu, Ana-Maria Gînsac, Ana-Maria Minuț, Lucia Gabriela Munteanu, Mădălina Ungureanu, Vechiul Testament – Septuaginta. Versiunea lui Nicolae Spătarul Milescu. Ediție de text, prefață, notă asupra ediției, introducere, bibliografie, indice de cuvinte și forme, indice de nume proprii, rezumate în limbile engleză, franceză, germană și rusă, Editura Universității Alexandru Ioann Cuza, Iași, 2016, CCCLXXXIII + 1298 p.,.
Viorel Barbu/ Eugen Munteanu, 5 convorbiri despre știință, cultură, creație, Editura Junimea, Iași, 2017, 280 p.,.
Paul Miron – in memoriam 90. Volum întocmit de Eugen Munteanu, Editura Junimea, Iași, 2017, 470 p.,.
Book awards
Monographs
The Romanian Academy's “Timotei Cipariu” Prize, 1995/1997, awarded for Studii de lexicologie biblică, Iași University Press, 1995.
“Book of the Year” Award, National Book Symposium, Chișinău, 1997, for Aeterna latinitas. Mică enciclopedie a gândirii europene în expresie latină, Polirom Press, 1997.
The Ministry of Culture's "Best Translation" Prize, awarded at the National Book Symposium, Cluj, 1998, for Carmina Burana. Ediție bilingvă comentată, Polirom Press, Iași, 1998.
Collective works
The Romanian Academy's “Timotei Cipariu” Prize, 1989, awarded for H. Tiktin, Rumänisch-Deutsches Wörterbuch, 2. überarbeitete und ergänzte Auflage, hrsg. von Paul Miron, Otto Harrassowitz Verlag, Wiesbaden, 3 vol., 1985-1987.
The Romanian Academy's “Bogdan Petriceicu Hasdeu” Prize, 1991, for Biblia 1688, Pars. I, Genesis, Iași 1988, Pars II Exodus, incl. in "Monumenta linguae Dacoromanorum", Iași 1991.
“Book of the Year”, 2004, awarded by “România Literară”, for Septuaginta, vol. I, Polirom, Iași, 2004.
“Best Foreign Book Editing” Prize, awarded by the Romanian Editors Association, for Septuaginta, vol. I, Polirom, Iași, 2004.